当地时间1月13日，菲律宾港务局(PPA)宣布，为防止新冠病毒变种在菲传播，将巴基斯坦、牙买加、卢森堡、阿曼和中国等5国加入禁止在菲律宾任何港口更换船员的名单。至此，列入该名单的国家和地区达到33个。
2020年12月23日以来，配合菲律宾总统杜特尔特宣布的临时旅行禁令，PPA已陆续宣布，从2021年1月1日到15日，来自英国、丹麦、爱尔兰、日本、澳大利亚、以色列、荷兰、香港特别行政区、瑞士、法国、德国、冰岛、意大利、黎巴嫩、新加坡、瑞典、韩国、南非、加拿大、西班牙、美国、葡萄牙、芬兰、挪威、约旦、巴西、印度和奥地利的船只，不允许在该国的马尼拉南港、巴丹的Capinpin港、八打雁港、达沃的Sasa码头、宿务港和苏比克港等6个主要枢纽港口的船员更换中心，进行任何形式的船员更换活动。原因是上述国家和地区出现了新冠病毒变种病例。
船员更换中心是港口设施，提供一站式服务，便于船员快速登船、下船等和更换船员，同时为防止新冠病毒传播，可在其中执行政府的健康和安全规定。
根据临时禁令，所服务船舶如14天内停靠上述名单国家和地区港口，外籍海员将被禁止入境，菲籍海员虽允许入境，但将接受14天的绝对隔离观察。菲律宾及外国海员如在上述名单国家和地区港口停靠14天后抵达菲律宾，均可获准入境，但需要遵守该国防疫规定。
12日，菲外交部声明，临时旅行禁令原定1月15日结束，但随着疫情的发展，不排除菲新发传染病管理机构间工作队会延长禁令执行时间。
13日，菲律宾卫生部(DOH)和菲律宾基因组中心(PGC)联合发布消息，一名从阿拉伯联合酋长国入境的菲律宾男性新冠病毒变种(SARS-CoV-2variant)检测结果为阳性，这是菲律宾发现的首例新冠病毒变种入境患者。